По остроумному замечанию одного из японистов, "сделать харакири" сравнимо с "отбросить копыта", тогда как "совершить сэппуку" – с "достойно отойти в мир иной".
А вообще, оказывается, это одно и то же слово, только в китайском и японском чтениях иероглифа.